اخیرا هیات بررسی و تطبیق مصوبات دولت با قوانین مجلس شورای اسلامی، ایراداتی نسبت به بحث انتقال دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به وزارت امور اقتصادی و دارایی و به عهده گرفتن تمامی مسئولیت‌ها توسط وزیر اقتصاد را مطرح کرد که در نهایت با دفاع معاونت حقوقی ریاست جمهوری، تنها راهکار پیشنهادی‌، اطلاق جایگاه «همطراز معاون وزیر» برای دبیر شورایعالی مطرح شد.

به گفته کارشناسان انتقال دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به زیرمجموعه وزارت امور اقتصادی و دارایی، منجر به تغییر قوانین مناطق آزاد نمی‌شود؛ اما بر روی مدیران (عزل و انتصاب) آن تاثیر می‌گذارد و ممکن است گروه‌های سیاسی و نمایندگان مجلس شورای اسلامی برای انتصاب یا تغییر مدیران با فشار به وزیر اقتصاد لابی کنند.

دکتر حجت‌الله عبدالملکی وزیر سابق تعاون، کار و رفاه اجتماعی، مشاور رئیس‌جمهور و دبیر کنونی شورایعالی مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی، در بدو عهده‌داری مسئولیت در دبیرخانه شورایعالی، جهت آشنایی با مسائل، مشکلات و مختصات ویژه مناطق آزاد هفتگانه کشور، به این مناطق در یک دوره زمانی فشرده سفر کرد و از آنها بازدید به عمل آورد.

مناطق آزاد ایران در طول دهه‌90، در معرض چالش‌های ساختاری و مفهومی زیادی قرار گرفتند که اگر بخواهیم نقطه عطف این چالش‌ها را بیان کنیم، قطعا تصویب ماده‌23 قانون برنامه ششم توسعه می‌باشد. با تصویب این ماده در مجلس دهم به بهانه افزایش نظارت‌پذیری؛ مناطق آزاد وارد گردونه‌ای از مشکلات شدند که حتی آنها را از مسیر اصلی خودشان منحرف کرد و مخاطبین‌شان را (فعالین اقتصادی و سرمایه‌گذاران بخش‌های مختلف اقتصاد مناطق آزاد) از آینده این مناطق به کلی ناامید نمود.

اساسا یکی از نکات برجسته حضور و موجودیت نهاد و سازوکاری تحت عنوان مناطق آزاد تجاری-صنعتی در سپهر اقتصادی و نظام سیاستگذاری و مدیریت اقتصاد جمهوری اسلامی ایران، این واقعیت است که پیش از تهیه و تصویب و ابلاغ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد کشور، نظام برنامه‌نویسی و آینده‌پژوهی کشورمان به لزوم بهره‌گیری از رژیم حمایتی جذب سرمایه‌گذار (ایرانی خارجی از کشور و خارجی) صحه گذاشته و در قالب نخستین برنامه پنج‌ساله توسعه کشور به صورت تبصره‌19، نخستین برنامه میان‌مدت توسعه ایران (بعد از پیروزی انقلاب اسلامی) مستظهر گردید.