یکی از بزرگترین مشکلات مناطق آزاد در دولت یازدهم و دوازدهم، ابطال قوانین چگونگی اداره مناطق آزاد توسط برخی افراد بود! کسانی که به دلیل منافع شخصیشان و یا حتی گروهی حاضر به پذیرش قوانین مناطق آزاد نبودند و سعی در خدشه وارد کردن به قوانین این مناطق داشته و دارند.