مشکلات و محدودیتهای مناطق آزاد چالشی است که رسیدن به نقطه مطلوب و توسعه مناطق و به تبع آن پیشرفت سرزمین اصلی را سخت کرده است؛ مشکلاتی از قبیل نبود زیرساختها که امکان سرمایهگذاری را پایین میآورد، نداشتن استقلال مالی و اداری، نبود ثبات مدیریتی و سلیقهای عمل کردن متولیان امر، نبود مشوقهای سرمایهگذاری، عدم اجرای کامل قوانین چگونگی اداره مناطق آزاد و...؛ و اینها موانعی است که در دو، سه سال اخیر مسیر توسعه را برای مناطق آزاد کشور بیش از گذشته ناهموار کرده است.
در اهمیت جایگاه رئیسجمهور در فعالیت مناطق آزاد همین بس که ایشان رئیس یکی از مهمترین شوراهای میان نهادی ساختار حکومتی کشورمان است که در قانون اساسی به آن اشارهای نشده «شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی»، که نهادی برای همافزایی همه نهادهای درگیر اجرای مزایا و معافیتهای قانونی مناطق آزاد است.
نه تنها کشور ما، بلکه بسیاری از کشورهای مختلف دنیا برای رشد و توسعه اقتصادی، ایجاد اشتغال و تامین سرمایه، نیاز به ایجاد مناطق آزاد و ویژه اقتصادی دارند و یکی از مهمترین برنامه کشورهای درحال توسعه و توسعه یافته برای نیل به این مهم، جلب و جذب سرمایههای داخلی و خارجی در مناطق مذکور بوده است؛ چراکه مناطق آزاد محرکی برای تشویق صادرات هستند و در عین حال میتوانند تا حدودی کمبودها را جبران و امکانات بالقوه را به توانایی بالفعل تبدیل نمایند.
یکی از مهمترین رسالتهای مناطق آزاد، تولید و سرمایهگذاری و به دنبال آن پیشرفت اقتصادی در سرزمین اصلی است. همچنین یکی دیگر از ماموریتهای محوله به مناطق آزاد، توسعه صادرات مجدد کشور میباشد، به طوری که ورود کالا بدون تغییر یا با تغییرات جزئی همراه بوده و سپس متعاقبا از آنجا صادرات صورت بگیرد.
کارکرد مناطق آزاد در جهان غالبا در جهت تسهیل ارتباطات تجاری با کشورهای دیگر به ویژه کشورهای پیرامون شکل گرفته است تا در یک منطقه محصور شده به لحاظ برخورداری از تسهیلات مربوط با عدم وجود برخی قوانین گمرکی و به دور از تشریفات اداری معمول در داخل کشورها بتوانند در مسیر توسعه اقتصادی و تجاری گام بردارند.