یکی از بزرگ‌ترین مشکلات مناطق آزاد در دولت یازدهم و دوازدهم، ابطال قوانین چگونگی اداره مناطق آزاد توسط برخی افراد بود! کسانی که به دلیل منافع شخصی‌شان و یا حتی گروهی حاضر به پذیرش قوانین مناطق آزاد نبودند و سعی در خدشه وارد کردن به قوانین این مناطق داشته و دارند.

لایحه‌ پیشنهادی دولت تدبیر و امید درخصوص ایجاد مناطق آزاد و ویژه اقتصادی جدید، پس از اینکه از سال‌۱۳۹۵ در فضای بلاتکلیفی به دلیل اختلاف نظر میان مجلس و شورای نگهبان به سر می‌برد، بالاخره از سوی مجمع تشخیص مصلحت نظام مورد تصویب قرار گرفت.

از 21شهریورماه‌1372 که علی‌اکبر ناطق‌نوری به عنوان رئیس چهارمین دوره مجلس شورای اسلامی تاییدیه شورای نگهبان را جهت اجرای «قانون چگونگی اداره مناطق آزاد» به مرحوم هاشمی رفسنجانی رئیس پنجمین دولت بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، ابلاغ نمود؛ بیش از 10070روز می‌گذرد و این در حالی است که ظرف این مدت کشورهای خاورمیانه و غرب آسیا که درگیر جنگ، ناآرامی، حضور طالبان، القاعده، داعش و منازعات مستمر داخلی میان گروه‌های قومی-فرقه‌ای بوده‌اند، در زمینه جذب سرمایه‌گذار در مناطق آزاد به درجه‌ای از پیشرفت و موفقیت نائل آمده‌اند که قیاس مناطق آزاد ایران با آن کشورها، قیاس مع‌الفارق است.

در دورانی که سیاستمداران دولت دوازدهم و مجلس یازدهم در گیر و دار مباحث سیاسی ناشی از مذاکره و یا عدم مذاکره با امریکای جو بایدن برای اجرای توافق‌نامه برجام می‌باشند، ظرف سه سالی که دولت ترامپ از برجام خارج شد و کارزار تحریم حداکثری را بر ایران و ایرانیان عزیز در سطح بین‌المللی تعمیم داد، در مناطق آزاد کشورمان اوضاع بر گونه‌ای دیگر بود.

رئیس شورای هماهنگی فعالان اقتصادی مناطق آزاد گفت: به دلیل کوچک بودن مناطق آزاد و داشتن حریم محدود و مشخص، جایی برای پنهانکاری مالیاتی از سیستم ندارند.