مشکلات و محدودیت‌های مناطق آزاد چالشی است که رسیدن به نقطه مطلوب و توسعه مناطق و به تبع آن پیشرفت سرزمین اصلی را سخت کرده است؛ مشکلاتی از قبیل نبود زیرساخت‌ها که امکان سرمایه‌گذاری را پایین می‌آورد، نداشتن استقلال مالی و اداری‌، نبود ثبات مدیریتی و سلیقه‌ای عمل کردن متولیان امر، نبود مشوق‌های سرمایه‌گذاری، عدم اجرای کامل قوانین چگونگی اداره مناطق آزاد و‌...؛ و اینها موانعی است که در دو، سه سال اخیر مسیر توسعه را برای مناطق آزاد کشور بیش از گذشته ناهموار کرده است.

رشد هر کشور به توسعه علمی و اقتصادی آن بستگی دارد و البته که توجه به سرمایه‌گذاری نیز یکی از همین عوامل رشد و توسعه محسوب می‌شود؛ اما این مهم زمانی فراهم می‌گردد که موانع اجتماعی، فرهنگی، سیاسی و حقوقی برای سرمایه‌گذاری برطرف و تلاش شود که برای توسعه اقتصادی کشور، سرمایه‌گذاری‌های داخلی و به ویژه خارجی بیش از گذشته صورت بگیرد.

با مشاهده و بررسی عمر سه دهه‌ای مناطق آزاد در ایران، به راحتی درمیابیم که به جز در دوران دولت سازندگی، در هیچ برهه زمانی دیگر نگاه‌ها به این مناطق توسعه‌ای و بر مبنای پیشرفت نبوده است؛ در هر دولتی تمام سعی و همت بر محدود و تضعیف کردن این مناطق بوده که شاید برای دریافت چرایی این موضوع باید به ایجاد کننده مناطق آزاد در ایران بنگریم و با توجه به اختلافات سیاسی که همیشه اقتصاد کشورمان را با خود درگیر کرده، مناطق نیز در این گرداب غرق شده‌اند.