مناطق آزاد ایران از بدو شکل‌گیری در دهه‌70 شمسی با وجود برخورداری از منطق مدیریتی و اقتصادی کلان و مثبت در آن زمان و زمان‌های آتی، همواره مخالفینی نیز داشته‌اند. اما مخالفین مناطق آزاد در یک دوره تقریبا 20ساله به غیر از جوسازی‌های رسانه‌ای بر علیه عملکردهای مناطق و نیز جلوگیری از اجرای کامل قوانین مناطق آزاد؛ حرکتی ریشه‌ای با هدف از حیز انتفاع انداختن و متعاقب آن حذف این مناطق از ساختار اقتصادی ایران انجام ندادند.

به گفته کارشناسان انتقال دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به زیرمجموعه وزارت امور اقتصادی و دارایی، منجر به تغییر قوانین مناطق آزاد نمی‌شود؛ اما بر روی مدیران (عزل و انتصاب) آن تاثیر می‌گذارد و ممکن است گروه‌های سیاسی و نمایندگان مجلس شورای اسلامی برای انتصاب یا تغییر مدیران با فشار به وزیر اقتصاد لابی کنند.